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１．環境省によるレッドリストに掲載されている絶滅危惧種
○絶滅危惧IA類（国内全29種のうち4種）
ウラウチフエダイ（渓流域に生息）
アゴヒゲハゼ（マングローブ林に生息）
コンジキハゼ（マングローブ林に生息）
コマチハゼ（マングローブ林に生息）
○絶滅危惧IB類（国内全29種のうち8種）。
ヨコシマイサキ（渓流域に生息）
ニセシマイサキ（渓流域に生息）
シミズシマイサキ（渓流域に生息）
ツバサハゼ（渓流域に生息）
タナゴモドキ（湿地や細流に生息）
タメトモハゼ（湿地や細流に生息）
ルリボウズハゼ（渓流域に生息）
キバラヨシノボリ（渓流域に生息）
○絶滅危惧II類（国内全18種のうち2種）。
ナガレフウライボラ（渓流域に生息）
ジャノメハゼ（マングローブ林に生息）
２．レッドリストに将来掲載される可能性が高い種（13種）
オグロオトメエイ（浦内川汽水域に生息）
ナミダカワウツボ（浦内川汽水域に生息）
ゼブラアナゴ（月が浜に生息）
ボラ科の1種（属は日本初のもの）（渓流域に生息）
アカメ属の1種（月が浜から浦内川河口に生息）
アトクギス（月が浜や浦内川河口に生息）
イソギンポ属の1種（浦内川河口に生息）
ヒルギギンポ（マングローブ林に生息）
カワギンポ（マングローブ林に生息）
タメトモハゼ属の1種（湿地や細流に生息）
カワクモハゼ（汽水域に生息）
イトヒキハゼ属の1種（浦内川汽水域に生息）
ゴマハゼ属の1種（マングローブ林に生息）など
３．日本では浦内川だけから記録がある魚種（10種）
オグロオトメエイ（浦内川汽水域に生息）
ゼブラアナゴ（月が浜に生息）
ナミダカワウツボ（浦内川汽水域に生息）
ボラ科の1種（属は日本初のもの）（渓流域に生息）
アカメ属の1種（月が浜から浦内川河口に生息）
アトクギス（月が浜や浦内川河口に生息）
シミズシマイサキ（渓流域に生息）
イソギンポ属の1種（浦内川河口に生息）
コマチハゼ（マングローブ林に生息）
イトヒキハゼ属の1種（浦内川汽水域に生息）
４．学術上未知の種（5未記載種）
ヘビギンポ属の1種（月が浜や浦内川河口に生息）
イソハゼ属の1種（月が浜や浦内川河口に生息）
ニラミハゼ属の1種（浦内川河口に生息）
カワクモハゼ（浦内川汽水域に生息）
オオメワラスボ科の1種（属は日本初のもの）（浦内川河口に生息）
５．稚魚・未成魚期に成育場として利用している水産上重要な種（16種以上）
リュキュウドロクイ
ギンガメアジ属魚類
ギンガメアジ、カスミアジ、オニヒラアジ、ロウニンアジ
フエダイ科魚類
ゴマフエダイ、オキフエダイ、ニセクロホシフエダイなど
クロサギ科魚類
セッパリサギ、ホソイトヒキサギ、ミナミクロサギ
クロダイ属魚類
ミナミクロダイ、ナンヨウチヌ
ホシミゾイサキ
アイゴ科魚類
アイゴ、ゴマアイゴ
６．通し回遊魚の内、淡水域に生息する種（24種）
オオウナギ
タニヨウジ
イッセンヨウジ
ナガレフウライボラ
ボラ科の1種（属は日本初のもの）
ウラウチフエダイ
ヨコシマイサキ
シミズシマイサキ
オオクチユゴイ
ユゴイ
ツバサハゼ
テンジクカワアナゴ
タナゴモドキ
タメトモハゼ
タメトモハゼ属の1種
ルリボウズハゼ
ボウズハゼ
ナンヨウボウズハゼ
タネカワハゼ
イワハゼ
ゴクラクハゼ
シマヨシノボリ
ヒラヨシノボリ
ナガノゴリ
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